Τα αρχαία μυστήρια, τών οποίων ο Ελευθεροτέκτων είναι οπαδός, ονομάζονταν ανάλογα με το μέρος στό οποίο ελλάμβαναν χώρα. Διαιρούνταν σε μυστήρια Λαϊκής λατρείας, κατά τα οποία ετελούντο διάφορες εορτές συνδεδεμένες με φυσικά φαινόμενα καί με τίς εποχές τού έτους, καί στά μυστήρια πού γίνονταν σε ιερούς καί καθορισμένους χώρους προωρισμένα γιά εκλεκτές διάνοιες καί καλούς δέκτες τών διδασκαλιών τους. Γίνονταν δεκτοί ικανοί καί επιλεγμένοι από τούς “δικαστές ιερείς”, αφού προηγουμένως υποβάλλονταν σε ηθικούς καθαρμούς καί αφού περνούσαν ένα προπαρασκευαστικό στάδιο μελέτης. Έδιναν κατά τήν είσοδό τους επισήμους όρκους ότι θα τηρούσαν απόλυτη σιγή σε όσα τούς ήθελαν εμπιστευτεί καί γιά όσα ήθελαν να δούν καί να ακούσουν κατά τίς Τελετές τής μυήσεως ή άλλες ιεροτελεστικές μυσταγωγίες. Απέβλεπαν έτσι στήν δημιουργία μιάς εκλεκτής κοινωνίας, μιάς αριστοκρατίας τού πνεύματος. Λεπτομέρειες τών τελειτουργιών εντός των Ναών δέν μπορούμε να ξέρουμε διότι η εχεμύθεια τών μυουμένων ήταν το κυριότερο τών διακριτικών τους. Από περιγραφές μυηθέντων σταχυολογούμε μερικά. Ο Πίνδαρος λέει: “Μακάριος ο διελθών διά τών μυστηρίων, ούτος μανθάνει τήν αρχήν καί τόν σκοπόν τής ζωής” . Ο Απολύϊος, αρχιερέας τής Καρχιδόνας επί Ανδριανού αφηγείται αλληγορικά: “μετέβην στά σύνορα τής ζωής καί τού θανάτου. Έφτασα στήν οδόν τής Περσεφόνης καί επανήλθα αφού διήλθα από όλα τα στοιχεία τής γής, τού ύδατος, τού αέρος καί τού πυρός. Είδα τόν Ηλιο να λάμπει μεγαλοπρεπώς το Μεσονύκτιον άπαντες δε τούς Θεούς πρόσωπο πρός πρόσωπον”. Καί ο Ρήτωρ Αριστείδης λέει: “ενόμιζα ότι πραγματικά ήγγιζα τόν Θεόν. Ευρισκόμουν μεταξύ εγρηγόρσεως καί ύπνου, το δε πνεύμα μου ήτο πάντα ελεύθερον. Μού συνέβαινε κάτι το οποίον κανείς δέν μπορεί να παραστήσει ούτε να εννοήση, αν δέν τυγχάνει μύστης”. Ασφαλώς από τίς ανωτέρω αφηγήσεις πειθόμαστε πώς η μόνη ασχολία τών μυστών ήταν η μελέτη καί οι λύσεις τών δυσκολότερων προβλημάτων πού απασχολούν τήν ανθρώπινη σκέψη. Φαίνεται από αυτά ότι στόν ναό ακουγόταν η αποδεικτική διδασκαλία περί τής Αθανασίας τής ψυχής και τής μετά θάνατον υπάρξεως καί πορείας της. Εκεί από το φώς τών σοφών οι μύστες αντίκριζαν το Θείον καί λάβαιναν γνώση τών αιτίων όλης τής φύσεως, δηλαδή τής αιτίας καί του αιτιακού. Ο περισσότερος χρόνος τού θανάτου ανά πάσα στιγμή καί με απάθεια. Αναλόγως τού βαθμού τής μυήσεως είχαν καί το ανάλογο βιβλίο. Έτσι στόν πρώτο βαθμό χρησιμοποιούνταν το “Βιβλίο τών Νεκρών”, στόν δεύτερο βαθμό το “Βιβλίο τών Αναπνοών καί αναστάσεως” καί στόν τρίτον βαθμό το “Βιβλίο τών Τελετουργικών”. Αφού υφίσταντο μία προπαρασκευαστική νηστεία, εισέρχονταν στήν πυραμίδα από τόν διάδρομο τής εισόδου, απ’ όπου άκουγαν τήν πρόρρηση “Μη προχωρήσεις αν στήν ψυχή σου υπεισέλθει τρόμος ή αν προσήλθες εκ περιεργίας, άπελθε, καί αν έχεις το συμφέρον ως πυξίδα τής ζωής σου θα απογοητευθείς”. Ακούγοντας αυτά ο Νεόφυτος, αν μεν αισθάνονταν αδυναμία μπορούσε να υποχωρήσει, αν όμως αισθανόνταν δυνατός προχωρούσε, προειδοποιείτο όμως ότι, θα οδηγούνταν σε σκληρές δοκιμασίες καί τόν άφηναν να σκεφτεί επί τινα λεπτά.
Αποφασίζοντας να συνεχίσει, προχωρούσε πρός τήν μύηση ακούγοντας εναλλάξ διάφορους κρότους, ψιθύρους κ.λπ καί η μύηση συνεχίζονταν. Κατ’ αυτόν τόν τρόπο γίνονταν στά Ελληνικά μυστήρια οι μυήσεις τών νεοφύτων. Η τροχιά την οποία ακολούθησαν τα Αιγυπτιακά μυστήρια γιά να φτάσουν πρώτα στήν Θράκη καί μετά στήν υπόλοιπη Ελλάδα, είναι δύσκολο να καθοριστεί, διότι οι διασωθέντες ιστορικοί δέν ασχολήθηκαν ειδικά με τα μυστήρια καί αφ’ ετέρου διότι από τα διασωθέντα άλλα τεκμήρια, μνημεία κ.λπ, δέν παρέχεται συνεχής η εξέλιξη τους. Το σημείο, στό οποίο συμφωνούν οι περισσότεροι συγγραφείς, είναι ότι τα Ελληνικά μυστήρια ξεκίνησαν από τήν Θράκη διά τής λατρείας τών Καβείρων. Αυτοί ήταν τέκνα τού Ηφαίστου καί τής νύμφης Καβειρούς εξ’ ού καί το όνομά τους. Ο ήρωας τής παραδόσεως ήταν ο Κάδμος-Κάβειρος καί αυτός σύζυγος τής Αρμονίας καί πατέρας τής Σεμέλης, τής μητέρας τού Ιάκχου τών Ελευσίνων. Τα Καβείρια τελούνταν πρός τιμήν τού ήρωος, ο οποίος καί τάφηκε στούς πρόποδες τού Ολύμπου γιά να αναστηθεί κατά τήν εαρινή Ισημερία καί να γευτεί τής Αθανασίας τού Πνεύματος.
Στα μυστήρια αυτά φέρονται μυηθέντες καί διάφοροι ήρωες, όπως Ορφέυς, ο Ηρακλής καί ο Οδυσσέας. Λειτουργούσαν καί αυτά όπως καί όλα τα αρχαία Ελληνικά μυστήρια μέχρι καί πρό Χριστού αιώνων. Με τήν λατρεία τών Καβείρων συνδέθηκε αργότερα καί η Ορφική Θεογονία πού αποτέλεσε τήν πλέον μυστική λατρεία τών πρώτων Ελληνικών χρόνων επί αιώνες. Οι εγκύψαντες στήν μελέτη τών Ορφικών Μυστηρίων θεωρούν τόσο τόν Ορφέα όσο καί τα μυστήρια εκπροσωπούντα μία παρωχημένη εποχή καί συγκεντρώνοντα όλην τήν τότε σοφία, συμβολιζωμένη διά τής Θεογονίας καί νομοθετικής συνεργασίας τών μεγάλων εκπαιδευτών τού Οσίριδος- Ζωροάστρου-Χαμουραμπή- Μανού-Μίνωος κ.λπ. Μετά τούς Ορφικούς συναντάμε τούς Τεχνίτες ή Θελγίτες, οι οποίοι ήταν μάγοι καί μάγευαν τούς οπαδούς τους. Πήγαν από τήν Κρήτη στήν Κύπρο καί μετά στήν Ρόδο. Εγκαθίσταντο συνήθως σε σεισμογενή μέρη γιά να καθησυχάζουν τόν φόβο τών κατοίκων με τίς μαγείες τους. Εξεδιώχθηκαν όμως από το Φώς τού Απόλλωνος, τόν οποίον όπως καί όλους τούς άλλους Θεούς, οι αρχαίοι Ελληνες εκπροσώπησαν καί τούς έδωσαν ανθρώπινη μορφή γιά να παραστήσουν πληρέστερη συγγένεια τού ανθρώπου με τίς φυσικές δυνάμεις. Ίδυσαν πρός τούτο τα Μαντεία καί Χρηστήρια στά οποία κατέφευγαν τίς δύσκολες στιγμές τους, γιά να πάρουν τούς αινιγματικούς καί διφορούμενους χρησμούς. Με τα Μαντεία αυτά ήταν στενά συνδεδεμένες οι μυστηριακές εκδηλώσεις τόσο τών μερών πού τα είχαν, όσο καί τών μερών πού δέν είχαν, όπως οι Φυγάλεια, Κρήτη καί Κύπρος.
Στην Κύπρο, και στήν Πάφο και Αμαλθούντα λατρεύονταν και η Αφροδίτη, τής οποίας τήν λατρεία εισήγαγε ο βασιλεύς Κινύρας, απόγονος τού Φαέθωντος καί ιδρυής τού γένους τών Κινυραδών. Απόρροια τής θρησκευτικής λατρείας τής Αφροδίτης θεωρούνται παρά τινών οι σημερινές Χριστιανικές τελετές. Ο ιερέας Κινύρας εισήγαγε στήν Κύπρο τήν λατρεία τού Αδώνιδος καί ίδρυσε τα ομώνυμα Κινυραδικά Μυστήρια συναγωνιζόμενος τόν Απόλλωνα, διαθέτων προς τούτο καί τόν μεγαλύτερον πλούτο του. Στην Κρήτη ο Μίνως, ο υιός τού Κρητουργενούς Διός, ίδρυσε τα ομώνυμα Μυστήρια κατά τα οποία συστηματοποιήθηκε ο συμβολισμός. Στίς ανασκαφές τής Κνωσσού βρέθηκαν ζώνες, τα σημερινά περιζώματα, όπως καί ο διπλούς πέλεκυς (Ποιός είναι σήμερα;. Ο Διόνυσος λατρεύονταν με τα ομώνυμα επίσης Μυστήρια, τα Διονύσια ή Θεοίνια, από τόν Θεό τού Οίνου καί λάβαιναν χώρα στούς αγρούς. Τα Θεσμοφόρια πρός τιμήν τής Θεσμοφόρου Δήμητρος κ.α. Επικεφαλής όμως πάντων τών Ελληνικών Μυστηρίων παραμένουν τα Ελευσίνια τα οποία όπως καί όλα τα άλλα εοορτάζονταν δύο φορές τόν χρόνο καί διαιρούνταν σε Μικρά καί Μεγάλα. Τα Μικρά εορτάζονταν κατά τήν Εαρινή Ισημερία, μεταξύ Φεβρουαρίου καί Μαρτίου καί τα μεγάλα τήν χειμερινή φθινοπωρινή Ισημερία. Συμβόλιζαν τήν γέννηση τού Θεού τού Φωτός καί κατά τήν Εαρινή τήν ανάσταση εκ τού θανάτου, τής νάρκης τού χειμώνος, δηλαδή τήν αναγέννηση τής ζωής. Κατά τίς ημερομηνίες αυτές εορτάζονταν καί οι άγιοι Ιωάννης καί Ιωάννης προστάτες τού Τεκτονισμού.